氢气医学效应被发现已经许多年，研究证据越来越多，但仍然有一些人不相信不认可，这说明一个真实的事也一样可以被误解，造成误解的原因很多，参考培根的四假象说法，谈谈氢气医学误解的四假象。培根认为，人类所以会有误解，原因有四类假象，我借用一下谈谈对氢医学的误解。
一、人性因素，因为氢气看不见摸不着，怎么可能会有效。古人有神农尝百草，但今日很难有人会尝试氢气的疾病治疗作用。氢气医学比较常见的一种误解是认为氢气无所不能，例如某个案例有效就认为可以治疗，似乎对所有癌症都有效果。这种现象是人性导致，人们习惯于眼见为实。这种因素最典型的是氢气原本就是一种生物分子，但竟然最近才被人类发现具有医学效应，这简直就是视而不见。或者不是视而不见，而是人之常情。
二、个体因素，相信的人过于相信，不信的人绝对不相信，这是氢医学两种常见的误解。例如有医生说，从来没有在教科书上看到过这种说法，氢气怎么可能？相反，因为偶然喝了一次氢水，便秘改善非常好，于是就相信氢气真神奇，似乎对很多疾病都应该有效。受传统生物医学观点影响，认为氧化损伤是百病之源，氢气抗氧化一定能治疗百病。可不知，氢气抗氧化本身都只是假说，氢气不仅抗氧化，也具有促氧化趋势，因为氢气能激活内源性抗氧化。这些一方面是氢气作用的神奇，另一方面也说明氢气作用的复杂。但是受个人知识经验的影响，有多少人能认真思考这些问题。
三、交流因素，这种情况多见于普通人给专业人员解释的情况。医生和生物医学专业背景的人，会觉得其他非专业人员对相关知识的判断力不如自己，如果听到你说氢气能治病，他作为专业人员还没有听说过，或者觉得不如你一个普通人懂得更多，这是很难让他接受的。因此无论你说什么，他都不再相信，甚至相信了都会假装不信。解决这种问题的办法就是要放低姿态，以学生请教老师的角度进行交流，请他解释这种现象，请他解惑，这样才能让对方更容易接受。
四、科学教育因素。毕竟目前氢气医学才刚刚起步，本身也存在许多没有解决的理论和证据问题，也因此没有被大部分学者广泛接受，没有成为学术社会公认的高端信息，这也是导致人们误解的一个重要原因。医学教科书上没有氢气医学的位置，医学生也不学习氢医学，大多数生物医学相关专业的人都不了解这个概念。专业人员不了解氢气医学，这也是现在推广氢气医学概念的重要阻力。
